A região faz parte do Médio Araguaia onde foi instauradas grandes latifúndios de terras, dentre as quais maior parte era de grilagem. Ali onde se situa o município havia a Fazenda Juarina, derivado do nome do rio Juarí, do então proprietário Sr. Carlitão. Por volta do 1989 diversos famílias se apossaram indevidamente de glebas de terras da fazenda,com isso houve conflitos entre os mandatários do dono da fazenda e os posseiros. Assim as autoridades da época resolveram fazer uma pequena reforma agrária na região e cederam pequenos lotes de terras da fazenda às famílias que ali residiam.
Depois dos vários conflitos e da divisão das terras da fazenda a paz reinou na região. Foi quando surgiu os primeiros movimentos de autonomia do pequeno povoado que ali na sede da antiga fazenda havia se formado, à procura de melhorias os habitantes promoveram o aproximamento de políticos em prol da implantação do município.
A autonomia política e administrativa veio através da lei nº 251 de 20 de fevereiro de 1991, no artigo 18 do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias em que foi criado o município com o nome de Juarina, desmembrando-o assim do município de Couto de Magalhães. A instalação do município ocorreu em 1 de janeiro de 1993,Cícero Alves da Costa foi o primeiro prefeito a tomar posse tendo como vice-prefeito Rafael Saraiva da Rocha.
